Pendik çok eski bir yerleşim yeridir. Kaynaklar, ilçemizin takriben M. Ö. 5000'lerden beri meskun bir mahal olduğunu göstermektedir. Doğal liman özelliği gösteren bir koyun kıyısına yakın bir mesafede kurulmuştur. Marmara Denizi'ndeki düzey düşüklüğü ve aşırı tuzlanma nedeniyle bin yıl kadar önce terke dildiği ve Marmara'nın durumu normale dönünce, elverişli konumu nedeniyle yeniden iskana sahne olduğu sanılmaktadır. Tarih boyunca en önemli özelliği ise Avrupa'dan Asya'ya gidecek yolcuların ilk konaklama yeri olmasıdır.